Działalność rolnicza w Polsce, tak jak działalność gospodarcza, jest objęta systemem podatku VAT. W rolnictwie dopuszcza się rozliczanie VAT na zasadach ogólnych lub w formie ryczałtowej. Wybór rozliczenia podatku VAT na zasadach ogólnych jest dobrowolny, za wyjątkiem rolników prowadzących księgi handlowe. Z literatury przedmiotu jednak wynika, że coraz więcej rolników wybiera status czynnego podatnika VAT; taką tendencję zaobserwowano również wśród gospodarstw Polskiego FADN. W artykule przeanalizowano skutki rozliczania VAT na zasadach ogólnych w gospodarstwach tworzących panel w latach 2010-2013, pogrupowanych według wielkości ekonomicznej. Niezależnie od klasy wielkości ekonomicznej w każdej grupie VAT naliczony od zakupów był wyższy od VAT naliczonego od sprzedaży, co oznaczało zwrot nadpłaconego VAT do gospodarstwa. Kwotę VAT do zwrotu powiększał znacząco VAT naliczony, zawarty w zakupach inwestycyjnych. Można przypuszczać, że inwestycje były głównym impulsem do rezygnacji ze statusu rolnika ryczałtowego. Kwota zwróconego podatku VAT w przypadku rolników – czynnych podatników VAT, nie jest składnikiem dochodu z rodzinnego gospodarstwa rolnego (DzRGR), tak jak w przypadku innych podatników. Jest to odrębna wartość, z całą pewnością generująca dochód pieniężny rolnika, która w ciągu czterech lat w badanych gospodarstwach była dla nich dość znacząca. Ograniczenie inwestycji, poprawa efektów gospodarowania może skutkować odwróceniem wyniku rozliczania VAT na korzyść Urzędu Skarbowego. Wtedy rolnik ma możliwość powrotu do statusu ryczałtowca, ale jednym z warunków wyjścia z systemu VAT jest konieczność korekty odliczonego VAT, co nie musi być dla rolnika korzystne.